합병 승계 이월결손금, 미환류소득 법인세에서 반복 차감 안 된다 — 서울행정법원 기각 판결

서울행정법원 제8부는 지난달 9일 편의점 프랜차이즈 등을 영위하는 A사가 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소 소송에서 원고 청구를 모두 기각했다. 소송비용도 전액 원고 부담으로 정했다. 쟁점은 구 조세특례제한법 시행령의 기업소득 계산 항목인 '법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인의 경우 공제 제한 배제)'을 어떻게 읽느냐였다.

A사는 2021년 7월 B사를 적격합병해 B사의 미환류소득 법인세 납세의무를 승계했고, B사는 앞서 2011년 12월 C사를 합병하며 약 207억6600만원의 이월결손금을 승계했다. 이 결손금은 합병 시 공제 제한 규정(승계받은 사업에서 발생한 소득 범위 내 공제)과 10년 공제기간 경과 등으로 각 사업연도 일반 법인세 과세표준 계산에서는 실제 공제되지 못했다. A사는 기존 유권해석을 근거로 2017~2020 사업연도 미환류소득 법인세 환급 경정청구를 했고 약 20억94000만원을 환급받았으나, 2022년 8월 기재부가 기업소득 계산 시 이미 차감했다면 재차 차감할 수 없다는 해석을 내놓자 세무서가 환급액을 다시 경정·고지했다.

재판부는 해당 결손금이 공제되지 못한 이유를 승계한 사업에서 소득이 발생하지 않은 데 따른 것으로 봤고, 환류 여력이 부족했기 때문으로 보기는 어렵다고 판단했다. 반복 차감을 허용하면 환류 여력이 충분한 법인이 결손법인과 적격합병한 뒤 승계 사업에서 소득이 나지 않게 해 공제기간이 끝날 때까지 결손금 잔액을 유지하는 방식으로 세 부담을 회피할 수 있다는 점도 지적했다. 제3차 유권해석 전까지 반복 차감이 허용되는 비과세 관행이 있었다는 주장도, 기존 해석을 그런 취지로 볼 수 없고 중복 차감이 최종 인정된 사례도 확인되지 않는다며 받아들이지 않았다.

적격합병으로 결손금을 승계한 법인 가운데 미환류소득 법인세를 신고해 온 곳에 해당하는 사안이다. 기업소득 계산에서 승계 결손금을 차감한 사업연도가 있는지, 그 이후 사업연도에 같은 결손금을 다시 차감해 신고하거나 경정청구를 한 내역이 있는지가 확인 대상이다. 1심 판결이라는 점도 함께 볼 부분이다.

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