감사원 지적: 법인세 사후검증서 이월결손금 이중공제·외국납부세액공제 오류 확인

법인세 신고 사후검증 관련 감사 지적 사례가 공개됐다. 단순 계산 착오를 넘어 결손금 공제, 외국납부세액공제, 원천징수, 특수관계인 거래, 세무조정 등 과세의 주요 단계에서 검증이 이뤄지지 않은 사례가 확인됐다. 주택공급업 법인이 법인 종류를 '일반기업'에서 '중소기업'으로 바꿔 신고하며 이월결손금 전액을 공제했는데 공제한도 적용대상인지 따지지 않아 법인세가 과소 부과됐고, 장부가 아닌 추계 방식으로 과세표준과 세액을 결정하면서 법인세법상 제한되는 이월결손금 공제를 적용한 사례도 있었다. 미환류소득 계산에서 전년도에 이미 차감한 이월결손금을 다음 사업연도에 다시 차감한 사례도 지적됐다.

환급과 공제 쪽에서도 사후관리가 빠졌다. 결손금 소급공제로 환급을 받은 뒤 불복 등으로 전년도 법인세가 전액 감액됐는데도 지급한 환급세액과 이자상당액을 재징수하지 않았다. 외국납부세액공제에서는 국외원천소득 세액감면을 받은 만큼 국외원천소득에서 차감해 공제한도를 계산해야 하는데 이를 누락한 사례, 일본 현지에서 원천징수됐다는 이유만으로 공제를 적용한 사례가 적발됐다. 과세권이 우리나라에만 있는 소득이라면 현지에서 잘못 낸 세금은 현지 과세당국에 환급을 청구하는 문제라는 것이 감사 취지다.

해당하는 곳은 주로 법인세 신고 후 경정청구·사후검증 대상이 된 법인이다. 주식매수선택권 행사이익을 손금 산입해 경정청구로 환급받은 사례에서는 귀속자의 근로소득 원천세와 지급명세서 가산세 검토가 누락됐다. 부가가치세 과세표준에 포함된 금액을 법인세에서 선수금으로 조정해 수입금액에서 제외한 뒤 폐업까지 익금산입 여부를 추적하지 않은 사례, 채무면제이익의 익금산입 검토가 빠진 사례도 지적됐다. 특수관계법인에 저작권을 무상 양도한 거래에는 부당행위계산 부인이 적용돼 소득세·부가가치세가 추가 과세됐고, 사위가 설립한 법인이 장인에게 부동산을 증여받은 건에서는 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 검토가 빠져 증여세 과세가 누락됐다. 외국법인에 지급한 특허권 사용료는 국내 제조·판매 등에 사용되는 대가인 경우 국내원천소득 해당 여부를 대법원 판례에 따라 다시 판단해야 한다는 내용도 감사자료에 담겼다.

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